アレクサンダー大王が、世界中から集めた財宝が眠る月の神殿。紀元前330年、火山噴火によって海に飲み込まれたこの神殿が、2300年ぶりに海底に姿を現わしたのだ。 世界中のトレジャー・ハンターが集結するなか、海流の変化を読み、いち早く現場に到達したのは、ララ・クロフトだった。深海のエアポケットと化した神殿に足を踏み入れた彼女は、メダリオンと黄金の珠を発見するが、謎の男たちに奪われてしまう。 黒幕は、ノーベル賞受賞の科学者ジョナサン・ライス博士。彼は世界各国にバイオテロの道具を売りさばく、生物兵器設計の第一人者だった。彼が手に入れようとしているのは、人類を滅亡に導く災いを、世界に解き放つ究極の兵器 ――それは、「生命のゆりかご」と呼ばれる人類起源の地に隠された<パンドラの箱> だった。 人類の起源に迫ると同時に、人類の未来を救う使命を担ったララの冒険は、いよいよクライマックスを迎える！