水戸徳川家二代目藩主・光圀（石坂浩二）は、江戸・小石川にある上屋敷の中に彰考館を作り、多くの学者を集めて「大日本史」編纂に力を注いでいた。その中に光圀を父と仰ぐ若い学者、渥美格之進（山田純大）がいた。 貞享元年（1684年）8月、その彰考館に急報が届いた。五代将軍綱吉（堤大二郎）が権力を握る江戸城で、刃傷事件が起きたのだ。光圀は急ぎ城中へ。理不尽な裁きが行われたと知って、光圀は怒りをあらわにした。 光圀の親友である大名、鍋島元武（長門裕之）は事件の裏に陰謀があり、次は光圀の命が狙われるとの噂を伝え、光圀に注意をうながす。 そんな折り、綱吉は天下の悪法、生類憐れみの令を発布。人々が苦しむ姿に光圀は心を痛める。 ところで、幕府では六代将軍の座を巡って、水面下で激しい争いが起こっていた。甲府宰相綱豊（花柳錦之輔）を推す光圀は、綱吉にとっては目の上のこぶだ。綱吉の意を受けた側用人柳沢吉保（橋爪淳）は、光圀を狙い刺客を放つ。 その中には変装の名人、素破の次郎坊（コロッケ）の姿もあった。しかし、佐々木助三郎（岸本祐二）の活躍で暗殺は失敗する。おるい（加賀まりこ）は光圀の身を案じている。 一方、格之進は刺客を追って江戸へ。刺客につながる娘、おくみ（渡辺梓）と知り合う。病魔に冒されながらも健気に生きるおくみに格之進はひかれるようになる。 その頃、幕府内では光圀を引退させようとする動きが激化。綱吉、吉保の企みにより、光圀は中納言の官位を拝命した後、隠居する。 やがて次郎坊は綱豊の命をも狙う。その時、くノ一疾風のお絹（由美かおる）とその手下、せん（清水あすか）、みつ（児玉百合香）、ひで（尾上彩）が現れ、綱豊の命を救うのだったが…。