世田谷南税務署の窓辺太郎（小林稔侍）は「窓際」と呼ばれている。もともとは国税局の査察課長という要職にあったのだが、ある事件の捜査中に部下を死なせてしまい、その責任を問われてヒラの税務署員に大左遷されたのだった。しかし、太郎にはもうひとつの顔があった。難事件があれば命を受けて悪を懲らしめる、陰の税務調査官なのだ。 ある日、太郎は元の上司・森村（北村総一朗）に呼ばれる。最近週刊誌をにぎわしている民自党の大物代議士・藤岡（伊武雅刀）の琵琶湖湖岸開発に絡んだ収賄。藤岡がゼネコンから賄賂を受け取り、それに国税庁長官・緑川（矢島健一）も関係しているというスクープ記事が出て、国民の不満は高まっていた。しかも滋賀・大津で藤岡の不正を探っていたジャーナリストが行方不明になっているという。森村は、高い志を持っていた緑川が悪事に関係しているとは思えないが、藤岡に抱き込まれている可能性もある、として太郎に調査を頼む。 大津びわ湖税務署に研修として潜り込んだ太郎は、署長の樋口直美（南野陽子）と18年ぶりに再会する。太郎が影の査察官だということを知っている直美は太郎の目的を見抜き、かつて自分の上司だった正義感の強い緑川が不正をするわけはないと釘を刺す。太郎は若手職員、徳永香苗（久田莉子）の補佐をしながら密かに調査を進めることに。香苗は太郎を伴って疑惑の開発現場を訪れ、現場では環境汚染の疑いもあると指摘する。 太郎の調査が難航する中、スクープの続報が。そしてそのスクープに絡んだ人間の遺体が見つかる。一方、藤岡と緑川は太郎が陰の調査官であることに気付き、刺客を放ち…。